Существует IMHO две возможности установки нового мода, которые при этом принципиально различаются только в затратах.

1.) (Рекомендуемый вариант для меняющих мод или версию) Скачиваем бинарный архив (Bin или Binary) Распаковываем папку архива (скажем папку 0.4**) в директорию по выбору (назовем Emule-V4**).
Затем идем в папку версии, которая использовалась последней (например, Emule-V43). В ней (Emule-V4**) из папки config копируем файлы preferences.dat, client.met и cryptkey.dat и вставляем в папку config папки новой версии (Emule-V4**). Также лучше взять и скопировать файлы known.met и adresses.dat, последний, если в нем есть актуальные адреса серверов. В случае если в директории Emule-V4** нет папки config, то просто создаем ее сами.

Затем запускаем новую версию и выставляем все настройки. Важно конечно, прежде всего, настройки соединения и указание путей к папкам Temp и Incoming (или как они называются у вас). Указанные две папки (Temp и Incoming) должны всегда находиться в одном и том же месте на одном разделе диска (неважно логическом или физическом). Выставленные настройки сохранить и eMule выключить. Затем снова запустить, изменения должны вступить в действие (первый признак: появятся парт-файлы).
Важно при первом запуске активировать функцию «Безопасное соединение» в закладке «Сервер» а также «Автообновление серверов при старте» (в случае если вы скопировали старый ваш Adresses.dat). Затем нажимаем соединение.

Конечно можно также и файл с настройками preferences.ini перенести или даже всю config-папку. Это позволит сэкономить время на выставлении настроек. НО! Возможны случаи, когда моды и настройки являются несовместимыми или несовместимы сами настройки, так как каждый мод вписывает свои настройки.
При переходе внутри мода (т.е. обновление старой версии мода на новую версию того же мода) можно не задумываясь переносить всю config-папку (если в описании мода не указывается иное).

Примечание:
При обновлении обратить внимание на следующее:

Папка Temp: все типы файлов со следующими расширениями (примеры) удалить: srcs/strcs/backups (в зависимости от мода).
В папке должны остаться только два типа файлов: xxх.part и xxх.part.met файлы!!
Папка Incoming: оставить как есть.

2.) (Рекомендуемый вариант при переходе внутри версии, т.е. старой на новую без смены мода) Замена exe-файла. Вы имеете Emule-папку и хотите сменить версию. Распаковываете папку со скачанной новой версией куда-нибудь (главное запомните куда, чтобы потом найти и удалить) и скопируете файл emule.exe в вашу Emule-папку переписав при этом старый файл.

Обязательно!! перед обновлением версии всегда сохранять резервные копии файлов![size=5][/size]

Что за ЧТО отвечает. Важные файлы в папке "Config":
preferences.dat: В данном файле хранится ваш так называемый "Userhash", который вас однозначно идентифицирует у других клиентов (в любом случае важно для кредитной системы). Также сохраняются некоторые настройки.
addresses.dat: В файле сохраняются линки к сайтам с серверами для программы. Если будет активирована опция «Автообновление серверов при старте» в закладке «Настройки/Сервер», то программа будет при каждом старте скачивать новый сервер-лист.
Если нет такого файла, то его можно сделать самому: создать в любом текстовом редакторе файл и сохранить под именем "Adresses.dat".
emfriends.met: В этом файле сохраняются клиенты, добавленные вами в список друзей или «друзья»
cryptkey.dat: В данном файле находится закодированный ваш Hash, если вы активируете в настройках функцию «использовать безопасную идентификацию». Рекомендуется и даже в обязательном порядке использовать эту функцию. Этим вы, прежде всего, предотвратите кражу вашего Hash, а значит ваших кредитов!!!
nodes.dat: В данном файле сохраняются ваши контакты из Kademlia-сети, необходим для ее работы.
webservices.dat Список надёжных серверов.
clients.met: В этом файле сохраняются сведения о клиентах, которые уже что-то у вас скачали или отдали, а также количество ими скачанного/отданного (важно для кредитной системы).
staticservers.dat: Если вы кликнете правой кнопкой мыши по серверу, то в контекстном меню будет функция добавления сервера к категории «статический сервер». Статический сервер сохраняется продолжительное время и даже если вами будет загружен новый файл Server.met, то сервера добавленные и имеющие статус статических все равно останутся.
sharedir.dat: В данном файле сохраняются настройки и данные о расшаренных папках, т.е. к которым вы разрешите доступ из сети.
known.met: В данном файле eMule сохраняет информацию о скачиваемых и скаченных ранее файлах: ID файлов сохраняется с тем, чтобы при каждом новом старте не происходило заново Hashing(перепроверки) файлов. А также при пользовании поиском программа будет уведомлять о попытке повторного скачивания. Также будет цветовое отображение скаченных файлов в результате поиска.
server.met: В данном файле содержаться известные программе сервера для работы.